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系统运行过程
在水循环中，把水中的剩余鱼食、粪便等过滤收集在反应器中，并经过有压厌氧的微生物发酵。在发酵后会有氮氨等元素的形成，在进入到硝化菌区进行分解，转化成可以作物植物吸收的成分。
⑵硝化种植系统
①系统基本结构
在整个消化种植系统包括种植管、硝化球、发酵分解过滤袋等设备和结构单元构成，实现对于大分子有机物的收集、发酵、分解硝化和植物吸收的作用。
目前，鱼菜共生行业中对于“鱼”的选择中比较成功的大概是：罗非鱼、鲤鱼、鲫鱼、草鱼、宝石鲈鱼、池塘淤泥、加州鲈鱼、澳洲淡水石斑鱼等，而观赏鱼可以喂养锦鲤、斗鱼、金鱼等。另外还有南美对虾，在鱼菜共生模式有不少的成功案例，毕竟南美对虾的价格还是不错的。鱼菜共生系统中的菜，它只是作物附属的产品存在，原因上面也简单说了，大体就是这个意思。而对于这个菜的种植方式而言，基本以无土栽培模式。其中也就是水培模式或者基质栽培模式，主要是利用鱼粪给蔬菜种植的养分供给。
种养分离（松耦合）系统，通过将系统分隔为三个独立的板块进行运转，即养殖区，微生物处理区（矿化处理区），鱼菜共生系统，种植区。养殖产生的有机废弃物被单独分离，不参与系统循环，经发酵系统制成液态有机肥，再输入到栽培区，同时将外源基质肥作为二培基质，共同为蔬菜提供养料。而被过滤后的水体被生物滤池处理后再回到养殖区。系统运行中，以youzhi的条件来对三个板块进行独立操控，因此，对于系统水体理化指标，生物质因素的改变，则是采取分隔处理的原则，同时满足养殖鱼类，微生物以及植物对不同环境条件的需求。
而智能化鱼菜系统则是基于UVI模式系统或/和种养分离（松耦合）系统的基础再融入现代农业技术，通过增加设施设备投入来优化生产环境、控制系统各个板块的反应进程来建设系统和实现生产管理。
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