上海自贸试验区综合协调局主要职责：
1、负责汇总梳理需提交自贸试验区推进工作领导小组及其办公室和区委、区政府研究协调的自贸试验区的重大事项、重点问题；
2、按照区委、区政府争取上级部门支持的要求，做好相关沟通衔接工作；
3、协助新区有关部门和各区域管理局推进自贸试验区制度创新、功能拓展；
4、根据自贸试验区年度工作要点和任务分工，负责对新区有关部门和各区域管理局督办督查、考核等；
5、承担自贸试验区管委会机关综合及行政事务工作，负责自贸试验区管委会其他未明确分工的工作；
6、完成领导交办的其他事项。
上海自贸试验区政策研究局主要职责：
1、对标高标准投资贸易规则和国内外发展趋势，围绕自贸试验区改革开放创新中的难点问题、热点问题，研究提出战略性、全局性、前瞻性的自贸试验区改革发展思路以及问题解决建议或实施方案；
2、总结提炼自贸试验区制度创新、功能拓展等实践成果，组织评估或参与自贸试验区发展情况、政策实施情况和改革效果，提出可复制可推广可辐射的建议内容；
3、研究提出自贸试验区管委会年度重点工作和任务分工，及时研判自贸试验区运行形势，了解动态、预测前景、分析问题、及时提出对策建议；
4、负责自贸试验区管委会课题管理工作，联络协调市、新区和社会研究力量开展自贸试验区重大问题研究，统筹指导各区域管理局做好产业研究、创新研究等工作；
5、承担自贸试验区管委会综合性文稿起草工作，配合区委、区政府研究室做好新区主要领导涉及自贸试验区的文稿起草工作；
6、配合市、新区法制办等部门做好自贸试验区规范性文件的起草、审核、备案、公布等工作；
7、完成领导交办的其他事项。
上海自贸试验区对外联络局主要职责：
1 、统筹实施自贸试验区宣传工作，负责协调新区有关部门和各区域管理局开展自贸试验区对外宣传、媒体接待、新闻发布统一归口和推广工作，负责涉及自贸试验区的舆情监测、研判和组织应对；
2、负责落实中央领导、国家部委领导、市领导和外省市领导视察、调研、考察自贸试验区的协调安排工作，负责市有关部门以及兄弟地区到自贸试验区的考察接待工作，统筹、协调各片区有关接待工作，负责涉及自贸试验区的外事团组有关接待工作；
3、组织开展与自贸试验区建设相关的国际交流合作，负责参与自贸试验区相关涉外合作项目的协调和推进；负责自贸试验区与国内其他区域的合作交流工作；
4、负责自贸试验区官方网站和媒体渠道的建设维护工作；
5、完成领导交办的其他事项。