横琴新区始终牢固树立生态优先、规划先行、基础快上、项目慎选、科学发展的理念，立足横琴自身区域优势，大力发展商务金融、科教研发、滨海休闲旅游、海洋高新技术等高端海洋服务产业。早在2013年2月，横琴新区被国家海洋局正式批准成为首批12个国家级海洋生态文明建设示范区之一。历经多年的开发建设，横琴新区守住生态底线，生态岛正从蓝图变为现实。
加强海洋资源保护利用。新区建设坚持规划先行，严格控制用海，保护自然海岸线；采取离岸1公里科学围填海方式，编制完成《横琴南部滨海新城区域用海规划》，并于2016年8月取得国家海洋局批准。规划的通过，实现了横琴新区生态环境保护、生态文明建设一张蓝图干到底，促进经济发展与生态环境保护的良性循环，打造横琴“生态岛”。
加强海岛土地资源集约利用。继建成33.4公里全国最长、一次性投资最大的地下综合管廊，取得国家住建部“2016年人居环境示范项目奖”后，横琴新区结合横琴马骝洲隧道工程，建设完成了2.8公里地下综合管廊。
开展海洋生态保护建设。近年来，横琴新区加大与院校和科研院所合作力度，为海洋生态修复、近岸海岸生态整治等提供技术支撑。开展完善海洋灾害应急管理体系，完善防灾基础设施建设；加大对入海排污的监管，推动建立地区、部门海洋环保联动机制；完成横琴海洋生态修复项目（芒洲片）二期工程建设，建设2000平方米横琴海洋生态修复展示厅，建造2000米木栈道、浮桥及600平方米亲水平台、观景台，完成2.94公里生态海堤、60公顷红树林种植、湿地清淤等工作。在此基础上，启动横琴海岸带综合整治修复试点项目一期建设，启动横琴海堤生态化处理项目建设，推动海洋生态保护升级。
提升海洋生态环境监管能力。目前，横琴新区（自贸片区）国家海域动态监管中心建设正式启动，编制《珠海市横琴新区海域动态监管能力建设项目具体实施方案》，构建海域动态立体监管体系，实现对全区海洋生态环境的动态监测。
加强海洋防污染源头管理。横琴新区开展近海入海污染源和水质环境现状调查，实施总量控制和红线管控，研究实施入海污染物总量控制度、实施自然岸线保有率目标控制和海洋生态红线制度。此外，横琴岛9个村居截污工程加速建设。2015年度横琴岛城镇污水收集处理率达到92%。横琴岛内村居垃圾分类处理全面展开，严控污染物排海。
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