自贸区13项改革试点经验中，有8项是关于海关监管方面的创新。分别是：先放行、后改单；减免税手续汇总办理；内外贸同船运输货物智能放行；先出区、后报关；便捷保税货物流转；加工贸易扁平化改革；中欧班列运单归并、简化申报；以及中欧班列的车边验放。
华中科技大学自贸区研究中心执行主任陈波：“整体着眼点就是贸易便利化，也就是说，如何从我们海关监管的这个层面上，能够帮我们的企业尽量地来降低它的监管方面的成本。”
在一年的改革试点中，这些措施在部分试点企业已经取得明显效果。比如，“先放行、后改单”，平均每票可以减少通关时间约3小时；便捷保税货物流转，企业每批次可节约成本450元人民币；中欧班列运单归并、简化申报让进口运单归并办理，简化率可达78%，出口转关单申报简化率可达93%。
此外，在武汉片区试点的：不动产登记业务“马上办、网上办、一次办”；国地税一窗通办；外资企业设立及变更“一套纸质资料”、“一道审批程序”、“一个审批标准”、“一并领取证照”的办事流程3项改革；以及在襄阳片区试点的在各银行网点受理不动产抵押登记；宜昌片区试点的“出口食品生产企业备案采信模式”，也在全省复制推广。
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