今年以来，面对全球新冠肺炎疫情持续蔓延的不利形势，全省交通运输系统在认真落实港口防疫措施的前提下，多举措保障港口物流运转平稳、快捷。1—7月，全省沿海港口完成货物吞吐量39351.83万吨，同比增长14.7%；集装箱吞吐量完成1004.89万标箱，同比增长5.3%。
在前期常态化疫情防控的基础上，针对现阶段疫情防控的新形势和新特点，全省港口对重点人员、重点场所和重点环节，实施更为严格的疫情防控举措，从严从细从快开展新一轮防控工作。
加强港口作业疫情防控，福州港督促港口企业对靠港外贸船舶建立“一船一档”，并通过新建成的船舶污染物电子联单系统，对船舶污染物水上接收、岸上转运、港内或港外处置全流程信息进行实时统计，实现不同种类的船舶污染物数据信息汇总、统计，实现监管单位对船舶污染物的闭环管控，严防疫情通过船舶污染物、废弃物传播。
强化引航保障，确保船舶及时进港。各港引航员专班分组轮换，并实施“两集中、四固定”管理制度，即“集中作业、集中居住”，“固定人员、固定场所、固定设备、固定休息区”，做到引航员防疫隔离和生产保障两不误。厦门港引航站第一时间对运送引航员的10辆车加装防护隔膜，下一步还将对7艘引航艇进行相同的防护。
新冠肺炎疫情在对港口生产运营造成影响的同时，也促进了码头智慧化转型。全省港口加快优化作业流程，提升码头装卸效率。
厦门港建成引航船舶信息可视化平台，实现引航、拖轮、码头作业、船舶代理等各相关方数据共享，具备实时查看船舶动态、码头作业动态以及引航、拖轮作业进度等功能，大大提高船舶作业效率。同时，督促船舶物供企业落实无接触操作模式，鼓励港口企业推行无接触作业，避免物供和码头作业人员直接接触船员。
湄洲湾港国投煤炭码头装车楼在全省首次实现集装箱自动化装载煤炭。泉州港石湖作业区对集装箱和场站管理系统进行优化和升级，将外贸集装箱堆场预约查验升级为卸船箱直接预约查验，减少吊箱和拖车平移次数，有效提升外贸箱运转的周转效率；华锦码头建成智能闸口，自动识别集装箱箱号、车辆牌照，自动采集地磅重量，车辆进出场更加方便快捷。
扶持政策接连出台。省级出台“丝路海运”港航发展专项扶持政策，用于支持“丝路海运”航线拓展、集装箱中转业务发展及海铁联运发展；出台高速通行优惠政策，对预约通行我省沿海港口附近收费站，使用ETC的承运经我省沿海港口装（卸）船的国际标准集装箱车辆实行通行费5折优惠。
福州港对“丝路海运”快捷航线引航费降低10%计收，同时支持鼓励港口企业为货主量身制定零污染、零耗损的“散改集”全程物流供应链方案，提升装卸效率，降低物流成本和货损。莆田市出台《港口发展专项资金管理办法》，每年设立2000万元的港口发展专项资金，引导扶持补齐莆田市辖区港口弱势领域短板，促进多式联运发展和港口大宗货物贸易落地。泉州市修订出台《关于进一步促进水路运输业发展的实施意见》，从鼓励企业新增运力、促进企业规模发展以及实施船舶贷款贴息等方面鼓励水运业发展。
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