入口层
入口层为公众和企业获取自贸试验区政务服务以及申办各类事项提供统一入口。其中，电子口岸公共平台将支持一次录入、一次查验、一次放行的口岸通关服务;网上办事大厅将实现全流程网上办事;自贸试验区门户网站将支持自贸试验区政策法规宣传、信息发布与查询等。
业务层
业务层支撑自贸试验区各项管理和服务业务。其中，部门业务系统涵盖海关、检验检疫、海事、边检部门等口岸查验监管系统和商事登记系统等;跨部门综合业务系统主要是市场监管信息共享平台，汇聚各部门业务信息，支持根据市场监管需要定制所需监管信息，及时发现企业违规行为;互联网应用平台以中国-东盟海产品交易平台等大宗商品交易平台为主，提供自贸试验区跨境大宗商品网上交易服务。
基础数据层
基础数据层汇聚自贸试验区各类管理服务对象的基础数据，包括法人基础数据库、信用信息库、电子证照库、商品分类基础数据库、船舶档案基础数据库、运输车辆档案基础库。
支撑层
支撑层提供数据共享和业务流程整合等基础支撑服务，由政务信息共享交换平台和电子口岸数据交换平台构成全省政务信息共享交换体系，是自贸试验区各类系统间的数据交换通道。
通过信息化平台建设，互联网将成为自贸试验区增进服务和监管的重要手段、主要平台，从而推行统一入口、集中受理、协同办理的业务服务模式，优化简化业务流程。同时，推动数据汇聚共享和关联分析，充分运用大数据提高服务和监管的针对性、有效性、协同性。
——福建省数字办有关负责人
时间表
按方案进度安排，今年底前，福建自贸区将完成各片区门户网站开设，并依托所在地网上办事大厅完成子厅设置。明年上半年，福建自贸区要完成自贸片区电子证照库和信用信息库建设；海关、检验检疫、海事、边检、工商等部门相关业务系统要实现与政务信息共享交换平台或电子口岸数据交换平台对接，并与网上办事大厅、市场监管信息共享平台、电子证照库、信用信息库等平台互联互通。
综合《福建日报》《福州晚报》
电子政务入口层主要通道
电子口岸平台
提供企业与口岸管理部门业务交互的统一入口和统一身份认证，整合口岸各部门业务流程，支持一次录入、一次查验、一次放行的口岸通关服务。
网上办事大厅
提供自贸区行政审批及公共服务事项统一受理入口,入驻部门业务办事流程以及对接部门业务系统，实现全流程网上办事。
自贸试验区门户网站
提供企业与自贸区政府部门互动交流的统一入口，支持自贸区政策法规宣传、信息发布与查询、异议投诉接受等。
企业主页
提供企业各类服务聚合推送服务，由数字福建进行总体建设，全省普遍使用。
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