《办法》根据国家重点研发计划的特点，从预算编制到执行、结题验收再到监督检查，全过程、全方位地提出了资金管理的要求。同时，《办法》明确了制定的目的和依据、重点研发计划资金支持方向、管理使用原则和适用范围，并对重点专项概预算管理、项目资金开支范围、预算编制与审批、预算执行与调剂、财务验收、监督检查等具体内容和流程、职责做了明确规定。
《办法》指出，重点研发计划资金的管理和使用应遵循集中财力、突出重点、明晰权责、放管结合、遵循规律、注重绩效的原则。重点研发计划资金需要聚焦于重点专项研发任务，重点支持市场机制不能有效配置资源的公共科技活动。《办法》要求，政府部门不再直接管理具体项目，而是委托项目管理专业机构开展重点专项项目资金管理，充分发挥承担单位资金管理的法人责任，完善内控机制建设，提高管理服务水平。
据了解，为保障办法的顺利实施，财政部、科技部将通过专项检查、专项审计、年度报告分析、举报核查、绩效评价等方式，对专业机构、项目承担单位贯彻落实该办法的情况进行监督检查或抽查。对于套取、截留、挤占、挪用相关资金等行为，将不予通过财务验收。对涉嫌犯罪的，移送司法机关处理。
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