我国基本医疗保险制度曾长期呈现为多元分割运行体制，在制度分割上表现为职工医保、城镇居民医保和新农合分立运行，在基金分割上主要表现为市县统筹，风险分摊范围有限。而整合城乡医疗保险制度、发展更加公平的医疗保险体系，打破城乡户籍制度对医疗保险制度的制约，可以使医保体系在政策制定、管理运行、经办服务等方面摒除城乡户籍因素，剥除户籍制度所承载的医疗保障功能，缩小城乡居民医保差距。
城乡居民医保并轨被列入2017年医改重点工作，根据已经确定的时间表，这项工作将于年内完成，届时将实现覆盖范围、筹资政策、保障待遇、医保目录、定点管理、基金管理“六统一”政策。而由于并轨实行报销范围“就高不就低”的原则，城乡居民待遇普遍提高，不少地区用药目录得到大幅扩容。
在整合前，宁夏城镇居民政策范围内报销比例约为57%，农村居民政策范围内报销比例为53.59%。统筹后的2014年，城乡居民在医保政策范围内报销比例达到66%。北京市此前门诊报销政策，城镇居民一个年度门诊报销封顶线是2000元，而新农合是3000元，按照医保待遇不降低的原则，政策合并后，城镇居民的门诊报销统一为3000元，住院封顶线由17万元统一到18万元。
在制度并轨过程中，管理体制也得到理顺。各地通过统筹安排，城乡医保的统一归口经办管理得以实现，减少了医保制度管理及运行成本。具体而言，除上述24个归口人社部门的省份之外，也有省份采取了不同策略。如陕西省城乡居民医疗保险由医保中心统一管理，医保中心主任原则上由同级医改办主任兼任。福建省建立统一的医保管理体系，成立省医疗保障管理委员会，其下设医保办承担日常工作，医保办挂靠省财政厅，相对独立运作。
清华大学公共管理学院教授杨燕绥表示，“建立统一的城乡居民医保制度后，增强了医保基金的互助共济能力，有利于发挥医保对医改的基础性作用，促进医保对医疗服务的外部激励制约，为‘三医联动’改革打下了坚实基础。”
不过，统一城乡居民医保制度，还只是改革的第一个环节。有专家在接受《经济参考报》记者采访时建议，通过建立多档次的筹资机制作为过渡，促使参保居民缴费标准与待遇享受水平挂钩。“城乡居民医疗保险制度的整合与统筹发展，很大程度上是为了逐渐缩小城乡居民的医保待遇差距。设立多档筹资机制后，参保居民根据自身需要、经济实力和意愿自由选择参保档次。随着经济发展、城乡居民收入的增加，再逐步实现城市职工医保与城乡居民医保缴费和待遇给付上的对接。”他说。
上述专家称，医保合并不是简单的机构合并，关键是明确功能、整合职能、理顺机制，实现控费目标的同时，规范医疗行为。建议未来建立医保经办机构与医疗服务机构的集体谈判机制。
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