据了解，随着珠三角、长三角、环渤海（京津冀）水域船舶排放控制区实施方案的推进，以及国际公约提出的2020年船舶使用低硫燃油时限的逼近，保障合规的船用低硫燃油供应已成为当前和今后一段时期控制船舶大气污染的关键。
《指导意见》确定了“三个坚持”的基本原则：即坚持政策引导，积极引导企业生产、销售、使用合规的船用低硫燃油；坚持突出重点，紧抓船用低硫燃油供需不平衡这一突出矛盾，着力解决合规燃油供应不足、市场秩序混乱等突出问题；坚持建管并重，按照“立好规则、管住市场”的要求，同步推进制度建设和联合监管工作。
《指导意见》明确，要通过政策引导，保障船用低硫燃油供应，适应航运市场需求。一是建立船用低硫燃油基本供应制度，在今明两年完成相关政策制定，引导国内炼化企业生产合规船用低硫燃油，疏通“产销用”三方信息渠道，保障合规船用低硫燃油的供应；同时取消船舶供油企业港口经营许可，允许供油企业跨区域经营。二是加快船用燃油标准制修订，在2019年完成《船用燃料油》《普通柴油》和《船舶供受燃油程序及检测方法》等相关标准规范的研究修订，优化质量指标，为监管提供技术依据。
《指导意见》明确，要通过强化监管，打击不合规船用燃油进入流通市场的违法行为，促进船用燃油流通市场公平、有序、健康发展。一是加大船用燃油监管力度，2018年起全面加强船用燃油生产、流通和使用环节的事中事后监管，提高“双随机”抽检比例；提升船用燃油监管能力，为一线执法人员配备检测装备，建立完善执法监管信息系统。二是加强船用燃油监管部门协作，在2018年建立船用燃油生产、流通和使用环节的多部门联合执法制度，组织专项治理行动；建立监管信息通报制度，打通各环节监管部门之间的信息沟通渠道，并定期向社会公开监管信息。
根据《指导意见》，有关部门将建立船用燃油生产、销售、使用主体信用记录，纳入全国信用信息共享平台，建立低硫燃油“产销用”主体信用约束机制和对严重失信主体的联合惩戒机制，通过国家企业信用信息公示系统、“信用中国”网站公示有关企业信用信息，促进守法经营。
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